Gıda intoleransı, bağışıklık sisteminin dışındaki mekanizmalarla ilişkili, belirli gıdaların sindirim veya metabolizma sürecinde yarattığı sorunların genel adıdır. Sindirim enzimlerinin yetersizliği, bağırsak mikrobiyotasındaki bozulma, bağırsak geçirgenliğinin artması gibi etkenler bu rahatsızlığın ortaya çıkmasına yol açabilir.